某SNS上で｢○○生データ編集・生成ツール｣みたいなのが大っぴらに販売されていて絶句するとともに、聞くところによればよくあるというか驚くに値しないそうでなんともはやである

GC skewの和訳は、｢GC含量傾斜｣でよろしいでしょうか

最近、私が知らないところで私の名前が先方の構想に組み込まれていて、やんわり逃げようとしたときにそのことが判明する（普通にお引き受けすると、逆にそのことに気付かない）ケースが増えました。直接・間接におおよその信頼関係があるケースがほとんどなので、よいのですが、予め一言いってよねと。

Try #gbdraw! gbdraw.app #bioinformatics #genomics #microbiology #virology

冗談抜きに、権力を手にするタイミングと価値観が仕上がるタイミングで、それらに一度は疑問を持つような体験をしないままだと、自分が周りからチヤホヤされて成立してるだけのタタリ神になってる事に気がつけないまま「世界が悪い」みたいな事を言う呪人になるのよね。これは怖いよ。人に戻れなくなる

AIは先行研究を金科玉条にとらえ、原理的advanceを好むので銅鉄の呪いに掛かりやすい。将来、研究立案の大部分をAIが支配するようになるとは思うが、時々、既存の中心概念が間違っていると仮定したら何を調べるかを強制的に試行させることが必要。

ウミホタル・ウミホタラー・ウミホタレスト

Next version of Reshiki will have better assistant and support for organometallic chemistry. (The image is the dev version) reshiki.com/

I just released ReShiki v0.6.1, a free, open-source alternative to ChemDraw. Chemical drawing, reinvented. Built in Rust for macOS, Windows, and Linux. Draw molecules, build reaction schemes, and export figures. Try it: reshiki.com

【北里MB学生向け】 今年度も3月に実習を開催させていただくことになりました‼️ 舞台は広島🍁 瀬戸内海は向島、海のすぐ側でプランクトンに囲まれての激アツの3泊4日を過ごしませんか❓🔥 技能の習得の他にも、志の高い新たな仲間との出会い、おいしいご飯など❤️‍🔥 ツリーに去年の様子を繋げます

streptomyces属の菌は別種でも16 rRNA配列が可変サイトも含めて100%近く同一だったりするのが面白い。ANI値だと0.95以下でゲノム距離は十分にあるんだけど

ゲノム描画アプリ #gbdraw の内部で相同性検索をやっているLOSATのv0.1.0をリリースしました。BLASTN, BLASTP, TBLASTX対応。あくまで小規模データ用です。Rust nativeだとBLASTとほぼ同等の速度が出ます。Wasmでマルチスレッドできます（これがやりたかった！）。 github.com/satoshikawato/LOS…

Excited to release LOSAT v0.1.0, a miniaturized reimplementation of the NCBI BLAST algorithm!🧬🚀 Current features: ✅ Supports BLASTN, BLASTP, & TBLASTX ✅ Multithread #Wasm compatible 📦 Now available on #Bioconda! Repo: github.com/satoshikawato/LOS… #Bioinformatics #Genomics

コネクションやロビー活動がさまざまなセレクションの最初の関門を下げるために必要なことは理解するけど、ど真ん中にいる当事者たちが露骨にやり始めてる流れを感じると、業界の滅びを感じる…

恥ずかしながら、生活保護世帯の子供は大学に行けないことを今知った。 大学に進学することは「贅沢」と見做されてしまうなんて、それではいつまで経っても「貧困」の世代間連鎖は断ち切れないだろう。マジでそういうのだけでも何とかならんのかな。そのために血税が使われるなら全然構わんよほんと。

If it's isn't obvious already, it is the end of papers as a measure of productivity, expertise or accomplishment. The odds of publishing in "glam" conferences & journals also very quickly approaches random & the time for gate keeping review increasing exponentially. 1/

今のところ、AIで作ったツールは、動作するようになっただけで完成にならず、無駄なコードを削ぎ落とす工程が必要だと思う。そうしないと他人がコードを再利用できるものにならない。これはコードを削ることに意識が向かない慣習の問題で「最小コード」がエージェント時代の品質の指標だと思う。

RT @YSYXVIIIRoma: 가난한 적 한번도 없던 놈들은 가난을 증명해야 한다는게 얼마나 치욕스러운줄 모르는 법이다

自分は一貫して、ビッグサイエンスよりもスモールサイエンスに関わりたいと思ってきました。最近のAIの発展によって、スモールサイエンスに取り組む研究者にとっては、いまかなり面白いフェーズに入っているのではと感じています。

I’ve expected this for a while but it still hurts. The “Life Sciences Verification Program.” It breaks my heart to know that biological knowledge will be locked down and gatekept like this. I want to take a moment to mourn, because I believe this marks an end for open science as I knew it. I think back to my education. I owe so much to the open-access literature. I'm so deeply thankful to the culture of transparency among scientists. All the free knowledge I've been given. The free GenBank sequences. The free PDB structures. The education and know-show that my colleagues shared with me for the pure love of learning. The Life Sciences Verification Program will kill that spirit. The most important biology tools of the next decade will be locked down and controlled. Some fragments of the old literature will remain free, but the real heart of where science happens will not be free. Frontier knowledge will belong only to people who the authorities decide deserve it. I want to fight this, but I don’t think I can. I don’t believe bioterrorism is a serious threat, but convincing people of that is not realistic. The fear is embedded too deep in the psyche. If I tried, there are armies of internet trolls eager to accuse me of evil things. It would become my entire online life. There is a growing and well funded fear-industrial complex dedicated to the idea that Bio-AI is a terrible risk and the people who practice it need to be monitored and policed. Hundreds of full-time professionals whose salary depends on their belief that biology presents a dire threat. What hope do I have of arguing with them? On the other side, the traditional defenders of free information are historically weak. Biology professors are struggling just to keep the lights on. The last thing they want is to be called reckless enemies of national security. They aren’t going to fight this - I’m sure many of them are already signing up to ask for permission to be on the list. So I’m writing this to bear witness. This is how it ended. Biology isn’t going to be free going forward. That was an idea of the pre-AI era and it is over now. The fight now isn’t over free access to information. It’s over who gets verified access to the closed information. Big pharma companies get permission, of course. So do professors at elite universities. But we can petition Anthropic to expand that list. Maybe they might allow access for high school teachers, medical students and nurses? I hope they will approve farmers, iGEM teams, community biolabs, birdwatchers, park rangers and community gardens. Will Anthropic allow those people to study biology at the frontier? As of today, the power officially belongs to them. We can only ask.